廈門國家會計學院是經國務院批準成立的財政部直屬事業單位，成立于2002年1月。學院實行董事會領導下的院長負責制，學院董事會成員單位由財政部、中央組織部、國家發展和改革委員會、國務院國有資產監督管理委員會、商務部、教育部、人事部、中國人民銀行、審計署、國家稅務總局、中國證券監督管理委員會、中國銀行業監督管理委員會、
北京市人民政府、
上海市人民政府、福建省人民政府、廈門市人民政府、上海市財政局、廈門市財政局、清華大學、廈門大學、上海財經大學和北京、上海、廈門國家會計學院等組成，董事會主席由財政部部長擔任。
