數(shù)年前，人類以超級艦“轟天號”，在南擊潰“哥吉拉”，并將“哥吉拉”封印在底下。但是地球除了哥吉拉”以外，還有許多多的怪獸，對各人類都市虎視眈眈。是，人類成立了“地防衛(wèi)部”，專門對付種怪獸的入侵。而地防衛(wèi)部最強(qiáng)大的成員就是當(dāng)年封印哥吉拉“轟天號”以及其艦“道格拉斯·戈登上”。此外，為了應(yīng)付獸對人類造成的困擾地球防衛(wèi)部特別甄選有特殊能力的人類，些“超人類”擁有普人類所沒有的“M染色體”，讓這些人類擁比普通人更強(qiáng)大的體跟敏捷性，以應(yīng)付怪的攻擊，其中的佼佼就是“尾崎真一少尉。就在不久之前，人挖到一個(gè)巨大怪物的骸，而且怪物擁有機(jī)跟生物的本質(zhì)，懷疑夠?qū)⑸锔鷻C(jī)械結(jié)合來的怪物應(yīng)該來自于太空。不久，尾崎真收到來自嬰兒島“小人”的警告，這個(gè)怪是當(dāng)年被“魔斯拉”封印的“蓋剛”，蓋的出現(xiàn)代表著人類的機(jī)。就在蓋剛出土不，世界各地突然在同時(shí)間，遭受到了各大物的攻擊，一時(shí)之間地球防衛(wèi)部忙的焦頭額。但是突然出現(xiàn)的秘飛行器，卻將這些物全部都帶走。這些稱“X星人”的外星來訪客，聲明自己是人的朋友，要跟人類建起同盟關(guān)系，更聲稱一個(gè)巨大的星球即將上地球。但是在尾崎一還有道格拉斯等人調(diào)查之下，發(fā)現(xiàn)根本沒有神秘星球要撞擊球。而那些怪獸根本是外星人侵略地球所放的，X星人根本是要把人類當(dāng)作糧食來利。雖然外星人的真面被揭穿，但是外星人有不可思議的超能力還有手下聽命于外星的巨大怪物。地球防軍最后被殲滅，只剩轟天號還茍延殘喘著此時(shí)，道格拉斯想出個(gè)大膽的計(jì)策，就是開南極哥吉拉的封印讓代表地球最強(qiáng)大怪的哥吉拉，去面對這外星來的侵略者....