南京工業大學根據經江蘇省物價部門核準的標準(蘇價費〔2014〕136 號、蘇價費〔2017〕243 號)按學年收取費用(幣種：人民幣)：
①文科類專業 5200元/生/學年，
②理科類專業 5500元/生/學年，
③工科類專業 5800元/生/學年，
④醫學類專業 6800元/生/學年，
⑤藝術類專業 6800元/生/學年，
⑥體育類專業 5300元/生/學年，
⑦中外合作辦學專業 26400元/生/學年，
優勢學科在上述標準基礎上上浮10%。
學生公寓住宿費為每學年人民幣800-1500元/人/學年(蘇財綜〔2004〕122號、蘇價費〔2006〕185號、蘇財綜〔2006〕35號)。