“闇之書件”（參魔法少女葉A's）的10年后。踏入19歳的高町葉、菲?T·哈洛溫、八神疾三人，懷著彼此的情牽絆、了追求各的夢想實而加入時管理局，以一流魔師的身分躍。 　　在此當中出現(xiàn)了新現(xiàn)的太古產(chǎn)“圣遺石”（レック），及以此為標而出現(xiàn)謎樣機械器“共鳴發(fā)者”（ジェットローン）為了迅速應日后被為“圣遺石事件”狀況，八疾風考慮設置能夠速對應的立部隊的要性，設了專責處與太古遺關連任務特殊部隊—“機動課”。 　　另一邊時間回溯四年前。·中島在到機場火卷入而幾喪命之際由于奈葉出現(xiàn)而得。因為憧著如同“己理想中形象”一的奈葉，在當晚的天星空之，做出了成為管理的魔導師的決定。 　　四年，經(jīng)過一波折而順成為管理的新進魔師的昴，訓練校時的伙伴蒂娜·蘭斯共同挑戰(zhàn)導師的升試驗。于處凝視著人考試的分別是認兩人將成“機動六”的明日星而投以意的疾風菲特、還奈葉。在人的注視中，隨著告試驗開的ReinForce II（統(tǒng)御之力zwei）的聲音，拉開“StrikerS”故事的序?