數(shù)年前，人類以超級戰(zhàn)艦轟天號”，在南極擊潰“吉拉”，并且將“哥吉拉封印在地底下。但是地球了“哥吉拉”以外，還有許多多的怪獸，對各大人都市虎視眈眈。于是，人成立了“地球防衛(wèi)部”，門對付各種怪獸的入侵。地球防衛(wèi)部最強(qiáng)大的成員就是當(dāng)年封印哥吉拉的“天號”以及其艦長“道格斯·戈登上校”。此外，了應(yīng)付怪獸對人類造成的擾，地球防衛(wèi)部特別甄選有特殊能力的人類，這些超人類”擁有普通人類所有的“M染色體”，讓這些人類擁有比普通人更強(qiáng)大體能跟敏捷性，以應(yīng)付怪的攻擊，其中的佼佼者就“尾崎真一少尉”。就在久之前，人們挖到一個(gè)巨怪物的遺骸，而且怪物擁機(jī)械跟生物的本質(zhì)，懷疑夠?qū)⑸锔鷻C(jī)械結(jié)合起來怪物應(yīng)該來自于外太空。久，尾崎真一收到來自嬰島“小美人”的警告，這怪物是當(dāng)年被“魔斯拉”封印的“蓋剛”，蓋剛的現(xiàn)代表著人類的危機(jī)。就蓋剛出土不久，世界各地然在同一時(shí)間，遭受到了大怪物的攻擊，一時(shí)之間地球防衛(wèi)部忙的焦頭爛額但是突然出現(xiàn)的神秘飛行，卻將這些怪物全部都帶。這些自稱“X星人”的外星來訪客，聲明自己是人的朋友，要跟人類建立起盟關(guān)系，更聲稱有一個(gè)巨的星球即將撞上地球。但在尾崎真一還有道格拉斯人的調(diào)查之下，發(fā)現(xiàn)根本沒有神秘星球要撞擊地球而那些怪獸根本就是外星侵略地球所釋放的，X星人根本是要把人類當(dāng)作糧食利用。雖然外星人的真面被揭穿，但是外星人擁有可思議的超能力，還有手聽命于外星人的巨大怪物地球防衛(wèi)軍最后被殲滅，剩下轟天號還茍延殘喘著此時(shí)，道格拉斯想出一個(gè)膽的計(jì)策，就是解開南極吉拉的封印，讓代表地球強(qiáng)大怪物的哥吉拉，去面這些外星來的侵略者....