數(shù)年前，人類以超級(jí)戰(zhàn)艦“轟天號(hào)”，在南極擊潰“哥吉拉，并且將“哥吉拉”封印在地底。但是地球除了“哥吉拉”以外還有許許多多的怪獸，對(duì)各大人都市虎視眈眈。于是，人類成立“地球防衛(wèi)部”，專門對(duì)付各種獸的入侵。而地球防衛(wèi)部最強(qiáng)大成員，就是當(dāng)年封印哥吉拉的“天號(hào)”以及其艦長(zhǎng)“道格拉斯·登上校”。此外，為了應(yīng)付怪獸人類造成的困擾，地球防衛(wèi)部特甄選了有特殊能力的人類，這些超人類”擁有普通人類所沒有的M染色體”，讓這些人類擁有比普通人更強(qiáng)大的體能環(huán)狗敏捷性，以付怪獸的攻擊，其中的佼佼者就“尾崎真一少尉”。就在不久之，人們挖到一個(gè)巨大怪物的遺骸而且怪物擁有機(jī)械跟生物的本質(zhì)懷疑能夠?qū)⑸锔鷻C(jī)械結(jié)合起來怪物應(yīng)該來自于外太空。不久，崎真一收到來自嬰兒島“小美人的警告，這個(gè)怪物是當(dāng)年被“魔拉”給封印的“蓋剛”，蓋剛的現(xiàn)代表著人類的危機(jī)。就在蓋剛土不久，世界各地突然在同一時(shí)，遭受到了各大怪物的攻擊，一之間讓地球防衛(wèi)部忙的焦頭爛額但是突然出現(xiàn)的神秘飛行器，卻這些怪物全部都帶走。這些自稱X星人”的外星來訪客，聲明自己是人類的朋友，要跟人類鬲山立起盟關(guān)系，更聲稱有一個(gè)巨大的星即將撞上地球。但是在尾崎真一有道格拉斯等人的調(diào)查之下，發(fā)根本就沒有神秘星球要撞擊地球而那些怪獸根本就是外星人侵略球所釋放的，X星人根本是要把人類當(dāng)作糧食來利用。雖然外星人真面目被揭穿，但是外星人擁有可思議的超能力，還有手下聽命外星人的巨大怪物。地球防衛(wèi)軍后被殲滅，只剩下轟天號(hào)還茍延喘著。此時(shí)，道格拉斯想出一個(gè)膽的計(jì)策，就是解開南極哥吉拉封印，讓代表地球最強(qiáng)大怪物的吉拉，去面對(duì)這些外星來的侵略....